经过两个月的药物治疗，如果精子畸形率仍然保持在99%，那么说明目前的治疗方法并不适合该患者。在这种情况下应该考虑调整治疗策略，寻找更有效的方法来改善精子质量。

需要进行全面的身体检查和评估，以确定是否存在其他潜在的健康问题或生殖系统异常。这可以通过实验室检测、影像学检查和专业医生的评估来完成。

如果没有发现明显的健康问题，那么可以考虑以下几种可能的治疗方案：

1.寻求专业建议：咨询生殖医学专家或泌尿科医生，他们可以根据具体情况给出更具针对性的建议和治疗方案。

2.考虑辅助生殖技术：如体内授精或卵胞浆内单精子注射（ICSI）。这些技术可以绕过自然受孕过程中精子数量或质量的限制，并提高成功率。

3.生活方式改变：良好的饮食习惯、适度的运动、戒烟限酒等都有助于改善精子质量。此外应避免暴露于有害环境因素，如辐射、化学物质等。

IVF是指在体外将卵子和精子结合，形成受精卵后再将其移植到女性子宫内的过程。ICSI则是从男性体内选择单个高质量的精子，直接注射到卵子中进行受精。

这些技术对于精子畸形率高的患者可能更加有效。通过直接选择或改良精子，可以提高受孕机会，并减少染色体异常或不正常发育的风险。